Марк Пекарский ведет концертную деятельность более полувека, был участником первого состава ансамбля «Мадригал», основанного в 1965 году Андреем Волконским. В 1976 Пекарский основал первый и до сих единственный постоянно действующий в стране Ансамбль ударных инструментов, востребованный во всех жанрах, участвующий в различных событиях российского и мирового масштаба — фестивалях, кинофестивалях, спортивных состязаниях, торжественных церемониях, вернисажах, вручениях премий («Золотая маска», «Золотой орел», «Хрустальная Турандот»).

Ансамбль обладает эксклюзивным репертуаром (около 200 сочинений), созданным российскими и зарубежными композиторами специально для него. Не случайно в свое время пресса назвала Ансамбль «катализатором творчества советских композиторов».

Ансамбль и его руководитель — страстные пропагандисты современной музыки. Для Марка Пекарского и его коллектива писали и посвятили свои сочинения более 30 отечественных и зарубежных композиторов: В. Артемов, А. Вустин, М. Гагнидзе, С. Губайдулина, Э. Денисов, В. Екимовский, И. Соколов, А. Кнайфель, Н. Корндорф, Р. Леденев, В. Мартынов, Дж. Макберни, С. Павленко, А. Раскатов, Д. Смирнов, В. Суслин, К. Уманский, А. Шнитке и многие другие.

В качестве солиста выступал с Дрезденским, Хельсинским, Туринским, Санкт-Петербургским, Минским, Уральским, Новосибирским симфоническими оркестрами, БСО им. П.И. Чайковского и многими другими под руководством таких дирижеров, как Г. Рождественский, В. Федосеев и др., сотрудничал с фольклорными и джазовыми коллективами. В камерных ансамблях играл с такими музыкантами, как Э. Вирсаладзе, Н. Гутман, О. Каган, А. Волконский, А. Любимов, В. Спиваков, Г. Жислин, О. Крыса, Г. Кремер, Л. Давыдова, К. Георгиан и др.

Марк Пекарский — инициатор, организатор и участник уникальных проектов: фестивалей, перформансов, театральных проектов, филармонических абонементов.

Музыкант преподавал во многих учебных заведениях Москвы: в ЦМШ, МССМШ им. Гнесиных, училище им. М.М. Ипполитова-Иванова. С 1997 педагог класса «Ансамбль ударных инструментов» факультета исторического и современного исполнительского искусства Московской консерватории, специально для которого разработал эксклюзивную программу и методику преподавания. В числе его учеников — лауреаты Всесоюзных, российских и международных конкурсов, солисты ведущих оркестров и ансамблей (Большого театра России, РНО, МГАСО п/у П. Когана, «Русская филармония», РГСО кинематографии, Государственного камерного оркестра джазовой музыки им. Олега Лундстрема, ансамбля солистов «Студия новой музыки»).

Проводит учебные курсы и мастер-классы в десятках городов России, Австрии, Нидерландах, Латвии, Литве, Чехии, Белоруссии, Казахстане Многие В 1997 г. провел мастер-классы по изучению творчества С. Губайдулиной для ударных инструментов в Швейцарии (Женева и Цюрих) и в Токио (Япония), в 2001 г. — мастер-классы в Амстердаме по теме «Музыка для ударных инструментов» А. Раскатова.

Участвовал в жюри конкурсов исполнителей на духовых и ударных инструментах, композиторов (ARD в Мюнхене, в Брно, «Щелкунчик», «Сибирские музыкальные ассамблеи» и др.).

Автор нескольких десятков статей и книг «Назад к Волконскому вперед», «Нотация мультиперкуссии», «Бей в барабан и не бойся»,

Марк Пекарский — лауреат премии Фонда «Русское исполнительское искусство» (2003), заслуженный артист Российской Федерации (2007). Член Союза московских композиторов.

«Я мечтал быть актером. Все деньги, которые мне давали на мороженое, тратил на театры. И когда мне старший брат, военный музыкант, сказал: «Отведу тебя к ударникам, будешь учиться музыке», я ответил: «Нет, не буду». А он меня заставил.

Пришел я в Толмачевский переулок, который около кинотеатра «Ударник». Там один дядька мне говорит: «Ну, давай учиться». Дал мне четырехрядный ксилофончик…

Проверили слух, он оказался замечательный. Ритм тоже. И велели приходить завтра.

Я пришел, но мне очень не хотелось учиться: ударные, фи! Мне тогда было 13 лет…»

«…Став ударником, я осуществил свою детскую мечту об актерстве. И не только из-за ударных. Я полюбил жанр инструментального театра. Там инструменты — это действующие лица. И исполнитель — это маг и волшебник, который их оживляет. Ассистенты вносят инструменты — и я их оживляю. Кроме того, действительно, ударные так артистичны…»

(Из интервью Марка Пекарского Андрею Устинову. «МО», декабрь 2010).