Композитор принадлежит к тому же поколению, что и Эдисон Денисов, Альфред Шнитке, София Губайдулина, Гия Канчели, Арво Пярт. По первому образованию он математик: в 1949–1953 учился на математическом факультете Вильнюсского пединститута. Затем поступил на композиторский факультет Литовской государственной консерватории, которую окончил в 1959 году (класс проф. Антанаса Рачюнаса).

В Литве и в СССР Баркаускас был одним из первопроходцев в области музыкального авангарда. В 1960-е годы он экспериментировал в области серийной техники и алеаторики, однако впоследствии сформировал свой стиль, для которого характерна яркая музыкальная экспрессивность.

Витаутас Баркаускас был плодовитым композитором. Его творческое наследие включает в себя оперу («Легенда о любви», 1975), семь симфоний, девять произведений в жанре концерта, многочисленные камерные, вокальные и хоровые произведения, пьесы для фортепиано и органа, музыку для театра и кино — всего более 130 опусов.

Творчество Баркаускаса было отмечено Национальной премией культуры и искусства, за заслуги перед Литвой он получил Офицерский крест ордена Великого князя Литовского Гедиминаса. Его произведения неоднократно удостаивались наград на композиторских конкурсах, звучали на фестивалях во многих европейских странах, а Партита для скрипки соло стала самым исполняемым в мире произведением из всех, написанных композиторами Литвы.

С 1961 года Баркаускас преподавал в Литовской государственной консерватории (ныне Литовская академия музыки и театра), с 1991 года — профессор кафедры композиции этого учебного заведения. В 1962–1966 гг. преподавал теоретические дисциплины в Вильнюсской школе искусств им. М.К. Чюрлениса.

Президент Литвы Гитанас Науседа в связи с кончиной композитора выразил соболезнования его семье, родственникам и всему музыкальному сообществу. По словам президента, Баркаускас обладал уникальным музыкальным стилем, одним из его главных достоинств было обогащение истории музыки Литвы авангардными приемами.

Министр культуры Миндаугас Кветкаускас также выразил свои соболезнования: «Мы потеряли выдающегося композитора, великого педагога, воспитавшего прекрасных музыкантов. Витаутас Баркаускас, освоив различные композиционные приемы, создал уникальный музыкальный язык, который звучал на всех континентах. Я искренне сочувствую семье покойного, культурному сообществу нашей страны», — заявил министр.