В Собрании опубликованы: авторский сборник «Духовно-музыкальные переложения и сочинения М. Балакирева» (был впервые издан в 1900), песнопения «Со святыми упокой», «Херувимская песнь», переложения моцартовских духовных сочинений и музыки Д. Бортнянского и др. Раздел посвящен публикации неоконченных духовных сочинений (в том числе «Всенощное бдение»).

В разделе «Сочинено М. А. Балакиревым?» публикуются найденные произведения, атрибутация которых еще требует подтверждения. Сделан репринт издания 1888 «Пение при Всенощном бдении древних напевов, положенное для четырехголосного смешанного хора», сделанное М. Балакиревым, Н. Римским-Корсаковым, Е. Азеевым и др. Дается хронограф церковных и светских произведений композитора, связанных с духовными темами и образами. Все нотные примеры снабжены комментариями.

Кроме публикаций нотных текстов, факсимильного воспроизведения ряда автографов, репринтного переиздания отдельных произведений, вышедших в свет при жизни композитора, в него вошли исследовательские очерки. Основой для них послужила монография «Сокровища России: Духовная музыка М. А. Балакирева», написанная редактором-составителем Собрания, давним исследователем наследия композитора Т. Зайцевой.

В заключении сборника публикуются письма Балакирева к Д. Разумовскому, К. Победоносцеву, С. Рачинскому. Собраны статьи композитора, посвященные церковно-певческим вопросам. Любопытен раздел с отзывами современников о его духовной музыке (священника М. Лисицына, критика Н. Компанейского и др.).