Уроженец Иркутска, он окончил Краснодарское музыкальное училище им. Н.А. Римского-Корсакова по классам баяна и дирижирования. В 1976 году окончил Горьковскую консерваторию по классу хорового дирижирования, в 1980 году — Московскую консерваторию, в 1983 — ассистентуру-стажировку (класс оперно-симфонического дирижирования Геннадия Рождественского). И уже более 40 лет входит в число дирижеров, весьма востребованных в театрах и оркестрах.

Понькина издавна называют «ударником дирижерского труда», дирижером-«многостаночником». Он всегда руководил несколькими коллективами. Еще в 1990 «Музыкальное обозрение» писало о нем в статье «Главный дирижер четырех оркестров»: «Летом 1990 года Владимир Понькин возглавил сразу четыре московских оркестра: Малый симфонический оркестр Союза ССР, Симфонический оркестр кинематографии СССР, оперный театр “Гармония” при Обществе милосердия и здоровья и Ансамбль авангардной музыки при АСМ-2».

В 1994—1998 он возглавлял еще филармонический оркестр Кракова в Польше. В 1996—1997 Понькин — музыкальный руководитель МАМТа им. К.С. Станиславского и В.И. Немировича-Данченко, с 1997 по 2016 — художественный руководитель и главный дирижер Кубанского симфонического оркестра КТО «Премьера» в Краснодаре, с 1999 — приглашенный дирижер театра «Геликон-опера», а с 2002 по 2016 его главный дирижер. В те же годы (2002—2006) Понькин был главным дирижером Центра оперного пения Галины Вишневской, а после того, как в 2004 Малый симфонический оркестр был ликвидирован, Понькина назначили главным дирижером НАОНИР имени Осипова, где он стал внедрять в репертуар симфоническую классику. Но это вызвало конфликт с музыкантами, и в 2009 «эпоха Понькина» в народном оркестре завершилась. Он продолжал значиться в «Геликон-опере» и в Кубанском симфоническом оркестре (сменившем статус на муниципальный), но почти сошел со сцены, в том числе из-за болезни.

Перешагнув 70-летний рубеж, Владимир Александрович как будто обрел второе дыхание. И, как прежде, не ограничивается одним коллективом. В 2022 он был приглашен на должность художественного руководителя и главного дирижера Томского академического симфонического оркестра (в 2025 передал пост главного дирижера Игорю Берендееву, сохранив обязанности худрука). А с сезона 2023/2024 по приглашению директора Нижегородской филармонии Ольги Томиной возглавил АСО Нижегородской филармонии (предыдущий руководитель Александр Скульский в 2022 ушел из жизни).

Понькин-педагог значится одновременно профессором Московской консерватории (с 2004), ГМПИ имени М.М. Ипполитова-Иванова (также с 2004, зав. кафедрой «Оперно-симфоническое дирижирование»), ГКА имени Маймонида (зав. кафедрой симфонического дирижирования и струнных инструментов). Ранее он преподавал в Ростовской консерватории. Одним из его студентов был Денис Ивенский, которому Понькин в 2016 передал руководство Кубанским симфоническим оркестром. Кроме того, Понькин проводит мастер-классы и индивидуальные занятия для всех желающих (офлайн и онлайн).

С юбилеем, маэстро!