Мария Моисеенко родилась в 1986. Окончила Новосибирскую консерваторию по специальностям «дирижер академического хора» (класс А.В. Ким, 2013) и «художественное руководство оперно-симфоническим оркестром» (класс проф. В.И. Прасолова, 2018). В годы учебы работала дирижером студенческого оркестра и оперной студии консерватории. В 2012 принята в труппу Новосибирского театра оперы и балета как артистка хора; с 2022 — ассистент дирижера; с 2023 хормейстер, с ноября 2024 — главный хормейстер театра.

В качестве хормейстера участвовала в постановках опер «Дидона и Эней» Перселла, «Свадьба Фигаро» Моцарта, «Необыкновенные приключения Буратино» Семенова, серии концертов барочных циклов «Музыка для нас» и «Времена Вивальди». Была ассистентом дирижера в спектаклях «Опричник» Чайковского, «Царская невеста» Римского-Корсакова, «Укрощение строптивой» Шебалина, «Сказка о мертвой царевне и о семи богатырях» Плешака, «Дон Жуан» Моцарта. Дирижирует спектаклями «Красная шапочка» и «Кот в сапогах» Кюи, «Сказка о мертвой царевне и о семи богатырях» Плешака, «Необыкновенные приключения Буратино» Семенова. Руководит хоровой студией НОВАТа «Per Aspera….».

С 2017 — дирижер Молодежного оркестра Новосибирска. С 2023 — главный дирижер Алтайского государственного музыкального театра: дирижер-постановщик оперетт «Веселая вдова», «Мистер Икс», мюзиклов для детей и взрослых, водевилей, концертов, театрализованных представлений.

Как хормейстер сотрудничала с Камерным хором Новосибирской филармонии. Дирижировала оркестром Государственной филармонии Алтайского края.

Приглашенный дирижер Государственный филармонии Кузбасса имени Б.Т. Штоколова. Соорганизатор ежегодного фестиваля молодых композиторов «Новая музыка Сибири». Соучредитель Новосибирского регионального объединения «Союз молодых композиторов». Дирижер и соорганизатор творческой смены летнего лагеря «Pro-музыка», при поддержке Фонда Президентских грантов. Преподаватель по классу дирижирования Новосибирского музыкального колледжа имени А.Ф. Мурова. Руководитель хорового класса Новосибирского педагогического колледжа № 1 имени А.С. Макаренко. Член СТД России.

В марте 2023 удостоена Премии для молодых деятелей культуры и искусства Новосибирской области имени заслуженного деятеля искусства Российской Федерации А.А. Людмилина.