Программа первого фестиваля состояла из музыки Баха, Генделя, Телемана и Вивальди, что соответствует заявленной тематике. Второй же фестиваль посвящен 270-летию со дня рождения Вольфганга Амадея Моцарта – венского классика, композитора совершенно другой эпохи.

Всего несколько концертных программ фестиваля соответствуют хронологической рамке эпохи барокко. Например, оратория «Праздник Александра» Г. Генделя, открывшая фестиваль, или Месса си минор И. С. Баха, которая будет звучать на закрытии.

В остальной афише фестиваля «Московское барокко» музыка Моцарта смешана с сочинениями Д. Шостаковича, Г. Канчели, А. Шнитке, Ф. Шопена, С. Губайдулиной, что вызывает недоумение музыковедов и музыкального сообщества Москвы.