В сферу его интересов входили теория форм, мелодика, фольклор и народные инструменты, этномузыкология, археология, источниковедение, текстология, редакторская и критическая деятельность. Множество работ было посвящено русским композиторам XIX-XX веков: П. Чайковскому, М. Мусоргскому, А. Бородину, Н. Римскому-Корсакову, С. Прокофьеву; современникам – Б. Чайковскому, С. Губайдулиной, А. Шнитке, Р. Щедрину.

Якубов считается главным летописцем и исследователем музыкальной жизни Дагестана. Эта тема занимала его, что называется, «с младых ногтей». Уроженец Грозного, детство и юность он провел в Дагестане и на всю жизнь проникся самобытной музыкальной культурой горной республики.  В 1955 он окончил Махачкалинское музыкальное училище, в 1960 с отличием – Московскую консерваторию (класс теории музыки Л. А. Мазеля). Во время учебы побывал в фольклорных экспедициях в Усть-Кутском районе Иркутской области и районах Дагестана.

В студенческие годы Якубов начал сотрудничать с журналами «Советская музыка» и «Музыкальная жизнь», где публиковались его первые статьи и заметки, в основном о дагестанской музыке. В 1961 дагестанское книжное издательство выпустило его книгу под названием «Творчество композиторов Дагестана».

После окончания консерватории Якубов преподавал в Махачкалинском музыкальном училище, где был заведующим теоретическим отделением, также заведовал лекторием Дагестанской филармонии. Окончив в 1967 аспирантуру Института истории искусств в Москве, работал редактором журнала «Советская музыка», заведовал отделом музыки Комитета по Ленинским и Государственным премиям в области литературы, искусства и архитектуры при Совете министров СССР. При этом продолжал исследовать дагестанскую музыку – как народную, так и профессиональную. Его заслугой является открытие широкому кругу читателей множества имен, исторических фактов. Благодаря ему музыкальный мир впервые узнал о творчестве многих композиторов Северного Кавказа: С. Агабабова, Г. Гасанова, М. Кажлаева, Ш. Чалаева, Н. Дагирова, С. Керимова, К. Шамасова, Ж. Плиевой, Д, Далгат.

По сути, ученый создал научную традицию изучения национальной культуры – традицию, которой свойственны и высокое просветительство, и музыковедческий профессионализм. Понимание того обстоятельства, что «наше искусствоведение скорее можно упрекнуть в недооценке исторических заслуг целого поколения мастеров дагестанской культуры: театра, живописи, скульптуры, графики».

В конце 1960-х он издал серию монографических исследований о дагестанских композиторах, за которую был удостоен Государственной премии ДАССР им. Гамзата Цадасы в области искусств (1970).

В 1973 Якубов вернулся в Махачкалу и начал работать в Институте истории, языка и литературы им. Гамзата Цадасы Дагестанского филиала АН СССР (ныне Институт языка, литературы и искусства им. Гамзата Цадасы Дагестанского научного центра РАН). В 1975 получил звание заслуженного деятеля искусств Дагестана. Подготовил такие фундаментальные труды, как монография «Очерки истории дагестанской советской музыки (1917-1945)» о зарождении и развитии профессиональной музыки Дагестана; «Отец дагестанской музыки. Очерк жизни и творчества Г. А. Гасанова» (дань памяти учителю, основоположнику дагестанской профессиональной музыки); «Атлас музыкальных инструментов народов Дагестана», в котором даны характеристики до 60 инструментов, около 40 из них впервые были введены в научный оборот. Мстислав Ростропович, близкий друг Якубова, назвал книгу «энциклопедией народного инструментария … все время чувствуется живой взгляд музыканта, которому в его деле интересно все».

За «Атлас музыкальных инструментов народов Дагестана» Манаширу Абрамовичу была присуждена Государственная премия Республики Дагестан (2007).

Композитор Мурад Кажлаев, о котором Якубов написал монографию «Мурад Кажлаев – известный и неизвестный» (Москва, 2002), отмечал: «Перу Манашира Абрамовича принадлежат лучшие исследования о творчестве дагестанских композиторов, первые серьезные статьи о музыке, об истории музыкальной жизни Дагестана … он был отцом дагестанского музыковедения. Союз композиторов Дагестана рос на его глазах».

Особая страница в жизни и деятельности М. Якубова – дружба с Д. Д. Шостаковичем и изучение его творчества. В 1962 Шостакович, рекомендуя Якубова к поступлению в аспирантуру, характеризовал его как «отличного музыканта, серьезно и вдумчиво относящегося к своему труду человека… Из него может выработаться квалифицированный музыкант-ученый, работа которого окажется полезной не только в масштабах Дагестанской республики, но и всего советского музыкознания».

«Я работала с Манаширом Абрамовичем, начиная с 1976-1977, – рассказывает Ирина Антоновна Шостакович. – Он был первым, кто предложил разобрать оставшиеся после Д. Д. бумаги, систематизировать архив, описать библиотеку. Сделал очень много. Когда возникло издательство, то в 1993 он стал его главным редактором, а в 1996 избран президентом “Общества Дмитрия Шостаковича”. Именно он заложил основы самого издания, подготовил проспект, был автором большинства статей в выпущенных томах Собрания сочинений. Другого столь осведомленного человека с такими богатыми знаниями найти трудно. Я очень ценила его любовь к Дмитрию Дмитриевичу и его музыке».

Многие годы Якубов был главным хранителем личного семейного архива великого композитора. Занимаясь изучением архивов музыканта, он написал предисловие к 25 томам первого Собрания сочинений Д. Д. Шостаковича (1978-1989), опубликовал впервые его балеты «Золотой век», «Болт», «Светлый ручей», а также «Антиформалистический раек» и многие другие, ранее неизвестные или малоизвестные произведения. Приступая к работе над наследием Д. Д. Шостаковича, Якубов загорелся идеей Полного собрания сочинений и разработал концепцию, которая включала 150 томов. Новое собрание сочинений начало выходить в 2000 и много лет воплощалось в жизнь под руководством М. А. Якубова.

Немалую роль сыграл Манашир Абрамович в деле возвращения и продвижения творчества выдающегося композитора Мечислава Вайнберга. Его интервью с Вайнбергом, опубликованное в 1994 в газете «Утро России», стало едва ли не первым значительным свидетельством самого композитора о своей жизни. Сегодня оно остается одним из немногих достоверных источников биографии М. С. Вайнберга. Ждут своей расшифровки (и публикации) и другие записи бесед Якубова с Вайнбергом.

Манашир Якубов пользовался огромным авторитетом в музыковедческом сообществе не только СССР и России, но и всего мира. Принимал участие в международных конференциях в Италии, Германии, США, Финляндии, Японии, выступал с лекциями и докладами в престижных университетах, консерваториях, театрах разных стран (Мичиганский университет, Национальная Академия Santa Cecilia и консерватория Santa Cecilia, театры La Fenice в Венеции и La Scala в Милане, университеты и консерватории Токио, Киото и Осаки), был почетным членом «Международного общества Шостаковича» в Англии и «Музыковедческого общества» в Японии.

Его книги, статьи, вступительные очерки в нотных публикациях издавались в Англии, Италии, Японии, Германии, США, Швеции, Швейцарии, Израиле, Польше, Финляндии (более чем на 25 языках).

М. А. Якубов был яркой, многогранной личностью с широким кругом творческих интересов. Сочинял музыку (автор произведений для детей, лауреат композиторских конкурсов) и стихи, профессионально писал о живописи. В 2004 выпустил альбом-монографию «Великая русская коллекция» – об уникальных музыкальных инструментах (Страдивари, Гварнери, Амати…).

Якубов всегда активно занимался общественной деятельностью: был директором фонда Мстислава Ростроповича, председателем Творческого совета Международного фонда Святослава Рихтера, членом художественного совета фестиваля «Декабрьские вечера», занимал другие почетные и ответственные посты. Его любили, ценили, уважали коллеги и друзья.

«…Я счастлив, что могу назвать себя другом Манашира Абрамовича. Он замечательный человек, посвятивший большую часть своей жизни исследованию творческого пути великого Шостаковича, он многогранно образован, его мнения могут быть определяющими для профессиональных музыкантов. Его статьи и книги написаны простым и ясным языком, понятным не только специалистам, но и меломанам…», – говорил пианист Николай Петров.

«Издавна чту Вас – эрудированного, серьезного, обстоятельного и прозорливого музыканта. Вы всегда имели свой собственный взгляд на музыкальные проблемы прошлого и настоящего. И никогда угарный ветер моды и конъюнктуры не сдвигал Вас с собственной точки зрения на все предметы и обстоятельства. Одно уже это в наш вероломный век дорогого стоит!..» – писал в поздравлении к 70-летию М. А. Якубова Родион Щедрин.

Манашир Якубов скончался в Москве 5 февраля 2012 в возрасте 75 лет. Похоронен на Ваганьковском кладбище.