В августе 2024 Антоненко была назначена художественным руководителем Государственного академического русского хора имени А. В. Свешникова, сменив в этой должности Геннадия Дмитряка, который с 2020 совмещал руководство Госхором и Хоровой капеллой имени А.А. Юрлова. 28 августа она была представлена коллективу хора. Совмещать в полном объеме работу в Москве и в Перми оказалось невозможным.

«Буквально неделю назад главный хормейстер Пермской оперы Екатерина Антоненко получила блестящее назначение: она стала руководителем Государственного академического русского хора им. Свешникова. Мы воспринимаем это как повод для гордости, потому что Пермский театр оперы и балета был первой большой государственной институцией, где Екатерина Юрьевна работала. Мы осознаем себя кузницей кадров», – сказала генеральный директор Пермской оперы Анна Волк на пресс-конференции, посвященной планам театра на новый сезон.

При этом Антоненко продолжит участвовать в отдельных проектах Пермского театра оперы и балета. Конкретные названия станут известны, как только определится ее график в Хоре им. Свешникова.

Имя преемника на посту главного хормейстера Пермского театра пока не названо. Заместитель Антоненко Вячеслав Козленко, который осуществлял непосредственную работу с хором в моменты отсутствия главного хормейстера в Перми, тоже увольняется из театра – он отправляется на заграничную стажировку.

Екатерина Антоненко возглавила хор Пермской оперы в октябре 2022, после того как должность главного хормейстера покинул Евгений Воробьев.