Эдуард Абдуллин родился 12 августа 1940 года в Уфе. В 1959 г. поступил на музыкальный факультет Московского государственного педагогического института им. В.И. Ленина (ныне – МПГУ), с которым была связана вся его дальнейшая жизнь. Он учился у именитых музыкантов: хормейстера Андрея Кожевникова, пианиста Олега Бошняковича, композитора Михаэля Ройтерштейна. Но главным наставником был Дмитрий Кабалевский, чьи идеи о всеобщем музыкальном образовании и воспитании в школе Абдуллин воплощал всю свою творческую жизнь.

Эдуард Борисович Абдуллин — автор и руководитель научной школы «Методология педагогики музыкального образования». Уникальность созданной им научной школы  м, в том, что она ориентирована на подготовку высококвалифицированных педагогов-музыкантов — не только учителей, исполнителей, но и исследователей.

В стенах родного вуза он создал и возглавлял кафедру, где собирал близких по духу людей. Абдуллин и его единомышленники вели работу по внедрению программы преподавания предмета «музыка» в общеобразовательных школах, разработанной ими под руководством Д.Б. Кабалевского. Проводили конференции, семинары, практикумы по всему СССР.

Э.Б. Абдуллин стал учителем многих известных ныне деятелей музыкального образования и науки, практически всех сотрудников не только своей кафедры, но и кафедр этого направления в вузах России и ближнего зарубежья…

Много лет Эдуард Борисович был заместителем председателя, а затем председателем Диссертационного совета специальностям теория и методика обучения и воспитания (музыка) и теория и методика профессионального образования (музыка).

Э.Б. Абдуллин был инициатором и организатором международного конкурса «Учитель музыки XXI века» имени Д.Б. Кабалевского. Первый конкурс состоялся в 2000 году в Москве. Проведено уже десять конкурсов-фестивалей в городах России и зарубежных стран. В них приняли участие студенты и учителя музыки из 15 стран мира.

Абдуллин — автор монографий, вузовских учебников, научных статьей. Многие годы он работал в журнале «Музыка в школе» (главный редактор Д.Б. Кабалевский), а впоследствии создал научно-методический журнал «Музыкальное искусство и образование».

В последние годы Э.Б. Абдуллин занимался разработкой базовой и региональных программ общего музыкального образования «Музыка для всех», начавшейся с реализации проекта в Республике Саха (Якутия). За эту работу в 2015 году Э.Б. Абдуллин получил награду от первого Президента РС (Якутия) – звание «Учитель учителей».

В 2011 году он удостоился премии Правительства РФ в области образования.

Э.Б. Абдуллин занимал должности Председателя Комиссии по содействию науке, культуре и художественному образованию Всероссийской ассоциации содействия науки; академика-секретаря Отделения педагогики и психологии музыкального образования Международной академии наук педагогического образования; вице-президента Российского отделения Международного общества по музыкальному воспитанию (ИСМЕ); председателя Комиссии при МПГУ по музыке Учебно-методического объединения высших педагогических учебных заведений России. Был членом Союза композиторов России и Нью-Йоркской академии наук.

Его энтузиазм глубочайшие познания в разных областях, доброжелательность, открытость и щедрость в передаче своих знаний, мастерства, находок, тонкостей в работе с детьми, подростками, молодежью вызывали огромное уважение у всех, кому посчастливилось с ним работать.

Прощание и похороны Э.Б. Абдуллина прошли 11 июня в Николо-Архангельском крематории.