В истории русской музыки рубежа XIX–XX веков и, прежде всего, Московской консерватории Сафонов – одно из главных действующих лиц. Василий Ильич – уроженец Северного Кавказа (место его рождения – станица Ищерская Терской области, на территории современной Чечни), сын казачьего генерала, в 1862 направленного служить в Петербург и переехавшего с семьей в столицу. Музыкой начал заниматься в юности (брал уроки фортепиано у профессоров Санкт-Петербургской консерватории А. Виллуана — учителя братьев Рубинштейн, и Т. Лешетицкого), но к профессиональным занятиям приступил, уже будучи служащим Канцелярии Кабинета министров. В 1879 вышел в отставку и, вопреки воле отца, поступил в Санкт-Петербургскую консерваторию, а уже через семь месяцев, пройдя полный курс обучения, окончил ее экстерном с малой золотой медалью. С 1881 преподавал в Санкт-Петербургской консерватории класс специального фортепиано. Много концертировал как солист и в ансамблях в России и за ее пределами, на гастролях в Германии познакомился с Брамсом и Гансликом.

В 1885 по предложению П.И. Чайковского Сафонов был приглашен на должность профессора  в Московскую консерваторию. Выпускниками его класса были А. Скрябин, Н. Метнер, А. Гречанинов, А. Гедике, Е. Бекман-Щербина, И. Левин, Р. Бесси-Левина, К. Сараджев, Ф. Кёнеман, С. Василенко, Л. Николаев, сестры Гнесины. Он также много лет руководил оркестровым классом консерватории.

В 1889, после ухода Сергея Танеева с поста директора консерватории, занял эту должность, став пятым директором второй консерватории России. 17-летний период  его директорства (с 1889 по 1906), который иногда называют «Эрой Сафонова»  – блестящая страница в летописи этого учебного заведения.

Главное достижение и заслуга Сафонова – строительство и открытие в 1898 здания Московской консерватории на Большой Никитской улице. 20 апреля 1901 был торжественно открыт Большой зал консерватории, и поныне ценимый музыкантами как лучший концертный зал России. Деятельность Сафонова способствовала росту благосостояния и престижа консерватории, улучшению материального положения малоимущих студентов и педагогов, при нем консерватория стала ведущей концертной организацией Москвы.

В Москве Сафонов продолжал выступать как пианист и серьезно занялся дирижированием. В 1890–1905 он был директором и дирижером Московского отделения Русского музыкального общества. Он дирижировал премьерой Шестой симфонии Чайковского 16 декабря 1893, через полтора месяца после смерти композитора. Сафонова приглашали дирижировать лучшими оркестрами Европы и мира: филармоническими оркестрами Берлина, Вены и Праги, парижским оркестром Ламуре, Лондонским симфоническим оркестром, Оркестром Национальной академии Санта-Чечилия, Нью-Йоркским филармоническим.

В 1905, с началом первой русской революции, Сафонов – убежденный монархист и противник студенческих бунтов – уехал в «творческую командировку» в США. В 1906 он был вновь избран на пост ректора, но отказался от должности в пользу М.М. Ипполитова-Иванова. Несколько лет он жил и работал в Нью-Йорке: возглавлял Национальную консерваторию Америки и Нью-Йоркский филармонический оркестр.

В 1910 начался европейский период творчества В.И. Сафонова. Покинув США и обосновавшись в Берлине, он много гастролировал как пианист и дирижер, в том числе в России. В 1917 он вернулся в Россию и последний год жизни жил в Кисловодске, где дал свои последние концерты и где скончался от сердечного приступа 27 февраля 1918, едва достигнув 66-летия. Похоронен на старом Кисловодском кладбище.

У Сафонова было 10 детей: 7 дочерей и три сына. Среди них – музыканты, художники. Одна из дочерей – Анна (по мужу Тимирёва) – была спутницей адмирала А.В. Колчака в последние годы его жизни. Впоследствии она была шесть раз арестована и в общей сложности более 30 лет провела в тюрьмах, лагерях и ссылках.

Имя и дела Василия Ильича Сафонова высоко ценят и чтят на Северном Кавказе. В 1895 он был инициатором создания в Кисловодске Курортного зала (предшественника Северо-Кавказской филармонии) и симфонического оркестра. Ныне филармония и оркестр носят имя В.И. Сафонова. С 1993 в Пятигорске проходит конкурс юных пианистов имени В.И. Сафонова (с 2007 – в статусе международного).

В книге «Венок на могилу Сафонова», изданной в Одессе в 1918, есть такие слова: «Имя Сафонова окружено ореолом славы, которую он приобрел благодаря своему могучему артистическому таланту, а также сильной железной воле, которая не знала преград для достижения цели на музыкальном поприще. Василий Ильич был выдающимся пианистом, редким педагогом, что и дало возможность создать ему плеяду пианистов известных музыкальному миру. В области же дирижерского искусства он занимал одно из первых мировых мест. Его глубокое понимание стиля и увлечение мастерством исполнения как русских авторов, так и классиков заставляло преклониться перед его крупным дирижерским талантом. Всем известно, как трудно вообще русскому артисту заслужить симпатии и внимание за границей, но выдающееся дарование Василия Ильича не знало этих преград и достигло колоссального успеха как в Европе, так и в Америке, заставив полюбить и уважать русское творчество» (из статьи Б. Розенфельда, исследователя биографии и творчества Сафонова, в «Ставропольском хронографе на 2002 год»).

В XXI веке вышло несколько книг о В.И. Сафонове, которые подготовил к публикации Л. Тумаринсон – музыкант, редактор, архивист, уделяющий огромное внимание изучению жизни и деятельности Сафонова. В числе этих изданий: «Летопись жизни и творчества В.И. Сафонова / Сост.: Л.Л. Тумаринсон, Б.М. Розенфельд, 2009); «Сафонов В. Избранное: Переписка 1880–1905 годов» (2011) и «Странствующий маэстро: Переписка В.И. Сафонова 1905–1917 годов» (2012); «Трудись и надейся…» Василий Сафонов: Новые материалы и исследования» (2017); Сафонова М.В. «Жизнеописание Василия Сафонова, составленное его дочерью» / Пер. с англ. протоиерея Евгения Саранчи (2021). Две последние книги вышли в издательстве «Центр гуманитарных инициатив».