Бёклин не давал названий своим картинам, не подписывал и не датировал. Постоянным покупателем его произведений был немецкий писатель, меценат и коллекционер Адольф Фридрих фон Шак, поддерживавший немецких символистов. Он же, вероятно, дал наименования большинству картин Бёклина.

Репродукции картин Бёклина – главным образом его самой известной картины «Остров мертвых» (нем. Die Toteninsel) – были крайне популярны в Европе начала XX века. Владимир Набоков в романе «Отчаяние» (1934) заметил, что их можно «найти в каждом берлинском доме». В 1880-1886 Бёклин создал пять вариантов «Острова мертвых». Шестой вариант написал в 1901.

Картины Бёклина вдохновили нескольких композиторов на создание музыкальных произведений.

Песня Густава Малера «Проповедь Антония Падуанского рыбам» из цикла «Волшебный рог мальчика» (мелодия появляется и в скерцо Второй симфонии Малера) была инспирирована картиной Бёклина «Святой Антоний проповедует рыбам» (1892). Также, по свидетельству Альмы Малер, композитор «был одержим» Автопортретом со Смертью, играющей на скрипке (1872), сочиняя скерцо к Четвертой симфонии.

В 1891 португальский пианист Жозе Виана да Мотта сочинил две пьесы вслед картинам Бёклина: «Морская идиллия» (1887) и «В игре волн» (1883).

Симфонические поэмы по мотивам «Острова мертвых» создали немецкий композитор Генрих Шульц-Бойтен (1890), шведский композитор Андреас Халлен (1898), венгерский композитор Дежё Анталфи-Жирош (1907) и Сергей Васильевич Рахманинов (1909).